處理商品房預(yù)售合同糾紛的方式是：有約定的按約定；沒有約定的，協(xié)議優(yōu)先；協(xié)商不成的可以申請基層組織進行調(diào)解；調(diào)解不成的可以向法院起訴；當(dāng)事人有簽訂仲裁協(xié)議或仲裁條款的，可以申請仲裁機構(gòu)進行仲裁。行為人也可以直接訴訟或仲裁。

法律依據(jù)：

《民法典》第四百七十條

合同的內(nèi)容由當(dāng)事人約定，一般包括下列條款：

（一）當(dāng)事人的姓名或者名稱和住所；

（二）標(biāo)的；

（三）數(shù)量；

（四）質(zhì)量；

（五）價款或者報酬；

（六）履行期限、地點和方式；

（七）違約責(zé)任；

（八）解決爭議的方法。

當(dāng)事人可以參照各類合同的示范文本訂立合同。

《民事訴訟法》第一百二十二條

當(dāng)事人起訴到人民法院的民事糾紛，適宜調(diào)解的，先行調(diào)解，但當(dāng)事人拒絕調(diào)解的除外。

《中華人民共和國仲裁法》第二條

平等主體的公民、法人和其他組織之間發(fā)生的合同糾紛和其他財產(chǎn)權(quán)益糾紛，可以仲裁。