商鋪出租糾紛的處理方式有：有約定的按約定；沒有約定的，協議優先；協商不成的可以申請調解；調解不成的可以向法院起訴；當事人有簽訂仲裁協議或仲裁條款的，可以申請仲裁機構進行仲裁。行為人也可以不申請調解直接訴訟或仲裁。

法律依據：

《民法典》第四百七十條

合同的內容由當事人約定，一般包括下列條款：

（一）當事人的姓名或者名稱和住所；

（二）標的；

（三）數量；

（四）質量；

（五）價款或者報酬；

（六）履行期限、地點和方式；

（七）違約責任；

（八）解決爭議的方法。

當事人可以參照各類合同的示范文本訂立合同。

《民事訴訟法》第一百二十二條

當事人起訴到人民法院的民事糾紛，適宜調解的，先行調解，但當事人拒絕調解的除外。

《中華人民共和國仲裁法》第二條

平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。