公司申請破產，但是沒有錢賠償員工時，員工可以向人民法院提起訴訟，但是不能申請勞動仲裁。公司進行破產清算的，應當支付勞動者一定金額的經濟補償金，具體數額按照勞動者在該單位工作的期限來計算。主張經濟補償金的勞動者可以直接向破產的管理人提出，由管理人列出清單，經過公示后就可以領取補償金。勞動者對公司發放補償金的清單存在異議的，可以要求管理人員予以更正。同時如果這時候，公司的管理人聲稱公司已經沒有錢的，勞動者應當及時向受理破產申請的人民法院提起訴訟。由于企業在進入清算程序后，不能夠再適用其他訴訟或者仲裁的程序，一切糾紛只能在受理破產的法院進行。因此，勞動者不能提起勞動爭議仲裁，只能向受理破產申請的人民法院提起訴訟。

《中華人民共和國勞動合同法》第四十一條 有下列情形之一，需要裁減人員二十人以上或者裁減不足二十人但占企業職工總數百分之十以上的，用人單位提前三十日向工會或者全體職工說明情況，聽取工會或者職工的意見后，裁減人員方案經向勞動行政部門報告，可以裁減人員：1、依照企業破產法規定進行重整的；2、生產經營發生嚴重困難的；3、企業轉產、重大技術革新或者經營方式調整，經變更勞動合同后，仍需裁減人員的；4、其他因勞動合同訂立時所依據的客觀經濟情況發生重大變化，致使勞動合同無法履行的。裁減人員時，應當優先留用下列人員：1、與本單位訂立較長期限的固定期限勞動合同的；2、與本單位訂立無固定期限勞動合同的；3、家庭無其他就業人員，有需要扶養的老人或者未成年人的。用人單位依照本條第一款規定裁減人員，在六個月內重新招用人員的，應當通知被裁減的人員，并在同等條件下優先招用被裁減的人員。

《中華人民共和國公司法》第一百八十七條 清算組在清理公司財產、編制資產負債表和財產清單后，發現公司財產不足清償債務的，應當依法向人民法院申請宣告破產。公司經人民法院裁定宣告破產后，清算組應當將清算事務移交給人民法院。

《中華人民共和國企業破產法》第一百一十三條 破產財產在優先清償破產費用和共益債務后，依照下列順序清償：1、破產人所欠職工的工資和醫療、傷殘補助、撫恤費用，所欠的應當劃入職工個人賬戶的基本養老保險、基本醫療保險費用，以及法律、行政法規規定應當支付給職工的補償金；2、破產人欠繳的除前項規定以外的社會保險費用和破產人所欠稅款；3、普通破產債權。破產財產不足以清償同一順序的清償要求的，按照比例分配。破產企業的董事、監事和高級管理人員的工資按照該企業職工的平均工資計算。