勞動者在醫療期內合同到期的，應當自動順延至醫療期的情形消失，也就是順延到理療期屆滿之日。公司不續簽勞動合同，應當按勞動者在本單位工作的年限支付經濟補償，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算；不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。

《中華人民共和國勞動合同法》 第四十條 有下列情形之一的，用人單位提前三十日以書面形式通知勞動者本人或者額外支付勞動者一個月工資后，可以解除勞動合同：

1、勞動者患病或者非因工負傷，在規定的醫療期滿后不能從事原工作，也不能從事由用人單位另行安排的工作的；

2、勞動者不能勝任工作，經過培訓或者調整工作崗位，仍不能勝任工作的；

3、勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使勞動合同無法履行，經用人單位與勞動者協商，未能就變更勞動合同內容達成協議的。