1、兩者的定義不同。建設用地使用權是指在國家或集體所有的土地上建造并經營建筑物、構筑物及其附屬設施的權利；宅基地使用權指的是農村集體經濟組織的成員依法享有的在農民集體所有的土地上建造個人住宅的權利。

2、兩者的使用主體不同。宅基地使用權是村民在集體經濟組織內部享有的權利，非本集體成員并不享有宅基地使用權；建設用地使用權對主體并沒有限制。

3、兩者的土地權限不同。宅基地使用權人使用的土地只限于農村集體土地；根據《物權法》第十二章第一百三十五條的規定：“建設用地使用權人依法對國家所有的土地享有占有、使用和收益的權利，有權利用該土地建造建筑物、構筑物及其附屬設施。”建設用地指的是國家所有的土地。

4、兩者取得的費用條件不同。宅基地使用權的取得是無償的；建設用地使用權的取得大部分情況下都是有償的，需要交納土地使用費，只有在劃撥的情況下不用交納。

《中華人民共和國民法典》

第二百七十二條 業主對其建筑物專有部分享有占有、使用、收益和處分的權利。業主行使權利不得危及建筑物的安全，不得損害其他業主的合法權益。

第三百六十二條 宅基地使用權人依法對集體所有的土地享有占有和使用的權利，有權依法利用該土地建造住宅及其附屬設施。