如果員工不是重大過失或者故意導致公司損失的，公司不能扣除員工工資。按照我國相關法律規定，用人單位解除勞動合同的，應當提前三十日以書面形式通知勞動者本人或者額外支付一個月工資；同時應當按照勞動者的工作年限每滿一年支付一個月工資的經濟補償的規定向勞動者支付經濟補償；用人單位違反勞動合同法的規定解除或終止勞動合同的，應當按照經濟補償金的二倍向勞動者支付賠償金。

《中華人民共和國勞動合同法》 第四十七條 經濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算；不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。勞動者月工資高于用人單位所在直轄市、設區的市級人民政府公布的本地區上年度職工月平均工資三倍的，向其支付經濟補償的標準按職工月平均工資三倍的數額支付，向其支付經濟補償的年限最高不超過十二年。本條所稱月工資是指勞動者在勞動合同解除或者終止前十二個月的平均工資。

《中華人民共和國勞動法》 第九十一條 用人單位有下列侵害勞動者合法權益情形之一的，由勞動行政部門責令支付勞動者的工資報酬、經濟補償，并可以責令支付賠償金：1、克扣或者無故拖欠勞動者工資的；2、拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的；3、低于當地最低工資標準支付勞動者工資的；4、解除勞動合同后，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。