國家秘密和商業秘密雖都屬于秘密的范疇，但二者屬于不同的層次，其主要區別是：國家秘密是一種公權，而商業秘密是一種私權。主要體現在：一、國家秘密關系國家的安全和利益，體現和代表一般的或國家的意志商業秘密則僅關系權利人的經濟利益和競爭優勢，體現和代表個別的或權利人的意志。二、國家秘密涉及國家的政治、軍事、外交、國民經濟與社會發展、科學技術、國家安全、刑事司法等重大領域，而商業秘密只涉及與科研、生產、經營相關的技術信息和經營信息。三、國家秘密的權利主體是國家并且只限于國家，而商業秘密的權利主體是權利人，這種權利人既可以是自然人，也可以是法人。四、國家秘密的確定，必須由國家的權力部門和保密工作部門依照法定程序進行，而商業秘密的確定僅僅是權利人的個人行為。五、國家秘密具有絕對的排他性和不可轉讓性。一個事項一旦被確定為國家秘密，只有國家才具有對其使用和處理的權利。而商業秘密的權利人有權向任何愿意得到該秘密的人進行轉讓。

《中華人民共和國保守國家秘密法》 第二條 國家秘密是關系國家安全和利益，依照法定程序確定，在一定時間內只限一定范圍的人員知悉的事項。