如果在不是工業用地或建筑用地的土地上建工廠的話，屬于對土地使用性質的變更，需要經過住建部分的許可，否則屬于違規。只要是合法建設的是可以辦理產權證的。如果不能辦理產權證，可以按一般賬務處理，建筑物在建工程在完工后并投入使用后，可記入固定資產。

《中華人民共和國土地管理法》第四十七條　國家征收土地的，依照法定程序批準后，由縣級以上地方人民政府予以公告并組織實施。

縣級以上地方人民政府擬申請征收土地的，應當開展擬征收土地現狀調查和社會穩定風險評估，并將征收范圍、土地現狀、征收目的、補償標準、安置方式和社會保障等在擬征收土地所在的鄉（鎮）和村、村民小組范圍內公告至少三十日，聽取被征地的農村集體經濟組織及其成員、村民委員會和其他利害關系人的意見。

多數被征地的農村集體經濟組織成員認為征地補償安置方案不符合法律、法規規定的，縣級以上地方人民政府應當組織召開聽證會，并根據法律、法規的規定和聽證會情況修改方案。

擬征收土地的所有權人、使用權人應當在公告規定期限內，持不動產權屬證明材料辦理補償登記。縣級以上地方人民政府應當組織有關部門測算并落實有關費用，保證足額到位，與擬征收土地的所有權人、使用權人就補償、安置等簽訂協議；個別確實難以達成協議的，應當在申請征收土地時如實說明。

相關前期工作完成后，縣級以上地方人民政府方可申請征收土地。

第四十四條　建設占用土地，涉及農用地轉為建設用地的，應當辦理農用地轉用審批手續。

永久基本農田轉為建設用地的，由國務院批準。

在土地利用總體規劃確定的城市和村莊、集鎮建設用地規模范圍內，為實施該規劃而將永久基本農田以外的農用地轉為建設用地的，按土地利用年度計劃分批次按照國務院規定由原批準土地利用總體規劃的機關或者其授權的機關批準。在已批準的農用地轉用范圍內，具體建設項目用地可以由市、縣人民政府批準。

在土地利用總體規劃確定的城市和村莊、集鎮建設用地規模范圍外，將永久基本農田以外的農用地轉為建設用地的，由國務院或者國務院授權的省、自治區、直轄市人民政府批準。