工程借款糾紛可以通過(guò)和解、協(xié)商、仲裁、訴訟處理。當(dāng)事人可以通過(guò)和解或調(diào)解解決工程借款糾紛糾紛；和解、調(diào)解不成的，可以根據(jù)仲裁協(xié)議向仲裁機(jī)構(gòu)申請(qǐng)仲裁；當(dāng)事人沒(méi)有訂立仲裁協(xié)議的，可以向人民法院起訴；當(dāng)事人對(duì)發(fā)生法律效力的判決、仲裁裁決、調(diào)解書拒不履行的，對(duì)方可以請(qǐng)求人民法院執(zhí)行。

法律依據(jù)

《仲裁法》第二條

平等主體的公民、法人和其他組織之間發(fā)生的合同糾紛和其他財(cái)產(chǎn)權(quán)益糾紛，可以仲裁。

《民事訴訟法》第一百二十二條

當(dāng)事人起訴到人民法院的民事糾紛，適宜調(diào)解的，先行調(diào)解，但當(dāng)事人拒絕調(diào)解的除外。