一、未來使用費用不確定。前者如按公建用途規定，其水、電、暖等使用費用都將采取商用價格。所以，對于購房者應該在購房時詢問清楚。目前，開發商大多在前期開發中采取相應的補救措施，能按民用價格繳納。

二、相關稅費的差異。普通住宅項目初次購買和未來轉讓時契稅為1.5%，而50年產權的住宅，其契稅按3%繳納。

三、貸款條件的限制。購買此類房屋大多不能申請公積金貸款，但是也有少數項目在開發商的努力下能夠辦到。另50年產權或者40年產權的住宅，如采用銀行貸款的方式，只能得到五成或六成按揭。

四、建設標準不同。如果按照公建相關要求，前者的人防和消防等建設標準較高，對開發商而言，成本將提高，但對購房者的使用影響不大。

《不動產登記暫行條例》

第四條 國家實行不動產統一登記制度。

不動產登記遵循嚴格管理、穩定連續、方便群眾的原則。

不動產權利人已經依法享有的不動產權利，不因登記機構和登記程序的改變而受到影響。

第五條 下列不動產權利，依照本條例的規定辦理登記：

(一)集體土地所有權;

(二)房屋等建筑物、構筑物所有權;

(三)森林、林木所有權;

(四)耕地、林地、草地等土地承包經營權;

(五)建設用地使用權;

(六)宅基地使用權;

(七)海域使用權;

(八)地役權;

(九)抵押權;

(十)法律規定需要登記的其他不動產權利。