轉讓有瑕疵的股權該根據下列標準來確定賠償主體：
1、一般由受讓人承擔因注冊資本不到位而產生的民事責任；
2、如果是因注冊資本不到位而產生損失的，應當由轉讓方承擔補充賠償責任。法律依據：《中華人民共和國公司法》第七十一條 有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。 股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。 第二十八條 股東應當按期足額繳納公司章程中規定的各自所認繳的出資額。股東以貨幣出資的，應當將貨幣出資足額存入有限責任公司在銀行開設的賬戶；以非貨幣財產出資的，應當依法辦理其財產權的轉移手續。 股東不按照前款規定繳納出資的，除應當向公司足額繳納外，還應當向已按期足額繳納出資的股東承擔違約責任。