申請仲裁機構確認勞動關系是有時效的。確認勞動關系適用仲裁時效，時效期間為一年，從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。因不可抗力或者有其他正當理由仲裁時效中止的，從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效繼續計算。法律依據：《勞動爭議調解仲裁法》第二十七條 勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。 前款規定的仲裁時效，因當事人一方向對方當事人主張權利，或者向有關部門請求權利救濟，或者對方當事人同意履行義務而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。 因不可抗力或者有其他正當理由，當事人不能在本條第一款規定的仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續計算。 勞動關系存續期間因拖欠勞動報酬發生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規定的仲裁時效期間的限制；但是，勞動關系終止的，應當自勞動關系終止之日起一年內提出。