公司制定的罰款制度違法，罰款，屬于行政處罰的種類，根據我國相關規定，可以設定行政處罰的只有法律、法規和行政規章，并且有相應的復議、行政訴訟等救濟程序。由于用人單位不是行政處罰的主體，故不具備實施經濟處罰權的主體資格，不能對員工做出經濟處罰。勞動者的工資是基于勞動關系，按照勞動者提供勞動的數量和質量，以貨幣形式支付給勞動者本人的全部勞動報酬。罰款是對經濟利益的直接剝奪，必須有相應的法律依據。因此，企業沒有權利直接對員工進行罰款。

《中華人民共和國行政處罰法》

第八條 行政處罰的種類:1、警告；2、罰款；3、沒收違法所得、沒收非法財物；4、責令停產停業；5、暫扣或者吊銷許可證、暫扣或者吊銷執照；6、行政拘留；7、法律、行政法規規定的其他行政處罰。

第九條 法律可以設定各種行政處罰。限制人身自由的行政處罰，只能由法律設定。

第十條 行政法規可以設定除限制人身自由以外的行政處罰。法律對違法行為已經作出行政處罰規定，行政法規需要作出具體規定的，必須在法律規定的給予行政處罰的行為、種類和幅度的范圍內規定。

第十一條 地方性法規可以設定除限制人身自由、吊銷企業營業執照以外的行政處罰。法律、行政法規對違法行為已經作出行政處罰規定，地方性法規需要作出具體規定的，必須在法律、行政法規規定的給予行政處罰的行為、種類和幅度的范圍內規定。