工程結算糾紛的處理，應遵循兩個原則，一是“尊重合意”原則，一是“實事求是”原則。

在工程造價結算中，應當基于以上兩個原則，解決不同的結算爭議。結合司法解釋和相關審判實踐，一般的處理規則如下：

1、雙方已結算認定造價后一方反悔的，不予支持。

2、雙方如約定以第三方的審價結果為準的，一方對第三方審定的價格有異議的，不應當支持，除非證明第三方在審價過程中存在違法行為。雙方如委托第三方審價但未就審價結果的效力作出約定的，可由雙方對審價結果進行質證確定。

3、雙方約定了結算標準和依據的，法院應當按照該標準和依據組織雙方結算或委托造價鑒定。

4、雙方未對結算問題作出約定的，事后又未達成關于結算的補充協議的，可由法院委托進行司法鑒定。

5、對于發包方故意拖延，不在約定的期限內結算的，根據《司法解釋》的規定，可以以承包方的送審價為準，并且，欠款自法定的時間開始計算利息。

法律依據:

依據《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》等法律法規，進行工程款結算：

　　１、該解釋第二條規定，當建設工程施工合同無效，但建設工程經竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應予支持。因此，當黑白合同都被認定為無效的，施工方已完工的建設工程經驗收質量合格的，可以參照實際履行的合同約定支付工程價款。

　　２、根據該解釋第三條規定，建設工程施工合同無效，且建設工程經竣工驗收不合格的，按照以下情形分別處理：

　　（１）修復后建筑工程驗收合格的，發包人應該參照黑合同支付工程款，但可以要求施工方承擔修復費用。

　　（２）修復后建筑工程驗收依然不合格的，發包人可以不支付工程款。需要注意的是，建筑工程驗收不合格造成發包人損失的，施工方應承擔相應的賠償責任，但發包人有過錯的，也要承擔相應的責任，同時減輕施工方的責任。