工程墊資是否合法這個問題，首先從廣義層面理解，工程墊資是否合法區分為政府投資項目和非政府投資項目。1996年建設部、國家計委、財政部發布《關于嚴格禁止在工程建設中帶資承包的通知》中明確禁止工程墊資施工。2006年1月4日，建設部、國家發展和改革委員會、財政部、中國人民銀行發布《關于嚴禁政府投資項目使用帶資承包方式進行建設的通知》廢止了原建設部、國家計委、財政部發布的《關于嚴格禁止在工程建設中帶資承包的通知》，明確規定政府投資項目一律不得以建筑業企業帶資承包的方式進行建設，不得將建筑業企業帶資承包作為招投標條件，將禁止墊資承包的項目范圍限制在政府投資項目，意味著非政府項目建設單位和施工單位可以約定墊資承包。所以，從廣義上講，政府投資項目工程墊資不合法，非政府項目工程墊資因未明文禁止而合法。從狹義上講，不論是政府投資項目還是非政府投資項目，我國法律并未禁止工程墊資，在私法領域，“法無禁止即自由”，且最高人民法院頒布的司法解釋明確雙方當事人可以在合同中約定墊資承包，故工程墊資屬合法。

法律依據：

《建設部、國家發展和改革委員會、財政部、中國人民銀行關于嚴禁政府投資項目使用帶資承包方式進行建設的通知》第一條

政府投資項目一律不得以建筑業企業帶資承包的方式進行建設，不得將建筑業企業帶資承包作為招投標條件;嚴禁將此類內容寫入工程承包合同及補充條款，同時要對政府投資項目實行告知性合同備案制度。

《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第六條

當事人對墊資和墊資利息有約定，承包人請求按照約定返還墊資及其利息的，應予支持，但是約定的利息計算標準高于中國人民銀行發布的同期同類貸款利率的部分除外。當事人對墊資沒有約定的，按照工程欠款處理。當事人對墊資利息沒有約定，承包人請求支付利息的，不予支持。