不會有太大的影響。公司被員工申請勞動仲裁只是解決勞動糾紛的一種法定方式，被申請，申請都是法定的權利與程序義務。被申請了也不會影響公司的證信力，并不能說明公司就有違法與不良行為，不會因此納入黑名單或受到什么處理。

《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》

第二條 中華人民共和國境內的用人單位與勞動者發生的下列勞動爭議，適用本法：

1、因確認勞動關系發生的爭議；

2、因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議；

3、因除名、辭退和辭職、離職發生的爭議；

4、因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護發生的爭議；

5、因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等發生的爭議；

6、法律、法規規定的其他勞動爭議。

第二十一條 勞動爭議仲裁委員會負責管轄本區域內發生的勞動爭議。

勞動爭議由勞動合同履行地或者用人單位所在地的勞動爭議仲裁委員會管轄。雙方當事人分別向勞動合同履行地和用人單位所在地的勞動爭議仲裁委員會申請仲裁的，由勞動合同履行地的勞動爭議仲裁委員會管轄。

第二十七條 第一款 勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。