公司被員工申請勞動仲裁只是解決勞動糾紛的一種法定方式，被申請，申請都是法定的權利與程序義務。被申請了也不會影響公司的證信力，并不能說明公司就有違法與不良行為，不會因此納入黑名單或受到什么處理。最多是上級主管機關因為勞動糾紛過多，提示公司加強管理和公司的約束機制建設，構建和諧的勞資關系。

《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》

第四十三條 仲裁庭裁決勞動爭議案件，應當自勞動爭議仲裁委員會受理仲裁申請之日起四十五日內結束。案情復雜需要延期的，經勞動爭議仲裁委員會主任批準，可以延期并書面通知當事人，但是延長期限不得超過十五日。逾期未作出仲裁裁決的，當事人可以就該勞動爭議事項向人民法院提起訴訟。仲裁庭裁決勞動爭議案件時，其中一部分事實已經清楚，可以就該部分先行裁決。

第五十條 當事人對本法第四十七條規定以外的其他勞動爭議案件的仲裁裁決不服的，可以自收到仲裁裁決書之日起十五日內向人民法院提起訴訟；期滿不起訴的，裁決書發生法律效力。

第五十一條 當事人對發生法律效力的調解書、裁決書，應當依照規定的期限履行。一方當事人逾期不履行的，另一方當事人可以依照民事訴訟法的有關規定向人民法院申請執行。受理申請的人民法院應當依法執行。