公司被員工申請勞動仲裁只是解決勞動糾紛的一種法定方式，被申請，申請都是法定的權利與程序義務。被申請了也不會影響公司的證信力，并不能說明公司就有違法與不良行為，不會因此納入黑名單或受到什么處理。最多是上級主管機關因為勞動糾紛過多，提示公司加強管理和公司的約束機制建設，構建和諧的勞資關系。

《中華人民共和國勞動爭議調(diào)解仲裁法》

第四十三條 仲裁庭裁決勞動爭議案件，應當自勞動爭議仲裁委員會受理仲裁申請之日起四十五日內(nèi)結束。案情復雜需要延期的，經(jīng)勞動爭議仲裁委員會主任批準，可以延期并書面通知當事人，但是延長期限不得超過十五日。逾期未作出仲裁裁決的，當事人可以就該勞動爭議事項向人民法院提起訴訟。仲裁庭裁決勞動爭議案件時，其中一部分事實已經(jīng)清楚，可以就該部分先行裁決。

第五十條 當事人對本法第四十七條規(guī)定以外的其他勞動爭議案件的仲裁裁決不服的，可以自收到仲裁裁決書之日起十五日內(nèi)向人民法院提起訴訟；期滿不起訴的，裁決書發(fā)生法律效力。

第五十一條 當事人對發(fā)生法律效力的調(diào)解書、裁決書，應當依照規(guī)定的期限履行。一方當事人逾期不履行的，另一方當事人可以依照民事訴訟法的有關規(guī)定向人民法院申請執(zhí)行。受理申請的人民法院應當依法執(zhí)行。