林地承包合同糾紛可以通過下列方式進行處理：
1、可以通過協商來處理；
2、可以請求村民委員會、鄉（鎮）人民政府等調解；
3、可以向農村土地承包仲裁機構申請仲裁；
4、可以直接向人民法院起訴。法律依據：《中華人民共和國農村土地承包法》第五十五條 因土地承包經營發生糾紛的，雙方當事人可以通過協商解決，也可以請求村民委員會、鄉（鎮）人民政府等調解解決。 當事人不愿協商、調解或者協商、調解不成的，可以向農村土地承包仲裁機構申請仲裁，也可以直接向人民法院起訴。 第五十六條 任何組織和個人侵害土地承包經營權、土地經營權的，應當承擔民事責任。