公司破產進行清算的程序如下：
1、擬訂破產財產變價方案；
2、通過拍賣變價出售破產財產；
3、以破產財產清償債務；
4、擬訂破產財產分配方案，分配破產財產；
5、人民法院裁定終結破產程序；
6、向破產人的原登記機關辦理注銷登記。法律依據：《中華人民共和國企業破產法》第一百一十一條 管理人應當及時擬訂破產財產變價方案，提交債權人會議討論。管理人應當按照債權人會議通過的或者人民法院依照本法第六十五條第一款規定裁定的破產財產變價方案，適時變價出售破產財產。 第一百一十六條 破產財產分配方案經人民法院裁定認可后，由管理人執行。管理人按照破產財產分配方案實施多次分配的，應當公告本次分配的財產額和債權額。管理人實施最后分配的，應當在公告中指明，并載明本法第一百一十七條第二款規定的事項。 第一百二十一條 管理人應當自破產程序終結之日起十日內，持人民法院終結破產程序的裁定，向破產人的原登記機關辦理注銷登記。