土地承包經營權確權糾紛，可以向土地管理部門申請裁定，也可以起訴到法院由法院進行判決處理。

《中華人民共和國民法典》

第三百三十一條 土地承包經營權人依法對其承包經營的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的權利，有權從事種植業、林業、畜牧業等農業生產。

第三百三十二條 耕地的承包期為三十年。草地的承包期為三十年至五十年。林地的承包期為三十年至七十年。

前款規定的承包期限屆滿，由土地承包經營權人依照農村土地承包的法律規定繼續承包。

第三百三十三條 土地承包經營權自土地承包經營權合同生效時設立。

登記機構應當向土地承包經營權人發放土地承包經營權證、林權證等證書，并登記造冊，確認土地承包經營權。

第三百三十七條 承包期內發包人不得收回承包地。法律另有規定的，依照其規定。

第三百三十八條 承包地被征收的，土地承包經營權人有權依據本法第二百四十三條的規定獲得相應補償。

第三百三十九條 土地承包經營權人可以自主決定依法采取出租、入股或者其他方式向他人流轉土地經營權。

第三百四十條 土地經營權人有權在合同約定的期限內占有農村土地，自主開展農業生產經營并取得收益。

第三百四十一條 流轉期限為五年以上的土地經營權，自流轉合同生效時設立。當事人可以向登記機構申請土地經營權登記經登記，不得對抗善意第三人。

第三百四十二條 通過招標、拍賣、公開協商等方式承包農村土地，經依法登記取得權屬證書的，可以依法采取出租、入股、抵押或者其他方式流轉土地經營權。

第三百四十三條 國家所有的農用地實行承包經營的，參照適用本編的有關規定。

對于土地承包權的認定，是需要由當事人向土地管理部門提出申請，并提交相關材料后，由土地管理部門來進行認定的，特別是對于承包的期限、以及承包的義務和權利都要進行明確的規定，如果對相關情況的處理不清楚的，可以咨詢土地管理部門。