用人單位在對工傷認定書中的勞動關系存在異議時，協商不成的前提下應當向勞動仲裁委員會申請仲裁。 對于已經作出了工傷結論認定后，用人單位提出對勞動關系存在爭議時如何處理，關鍵點是要厘清勞動關系與工傷認定之間的關系。

《中華人民共和國社會保險法》

第三十六條 職工因工作原因受到事故傷害或者患職業病，且經工傷認定的，享受工傷保險待遇;其中，經勞動能力鑒定喪失勞動能力的，享受傷殘待遇。

工傷認定和勞動能力鑒定應當簡捷、方便。

第三十七條 職工因下列情形之一導致本人在工作中傷亡的，不認定為工傷：

(一)故意犯罪;

(二)醉酒或者吸毒;

(三)自殘或者自殺;

(四)法律、行政法規規定的其他情形。