工程款結(jié)算糾紛處理方式如下：雙方可以先冷靜下來，進行協(xié)商；協(xié)商不一致的話，可以向有管轄權的人民法院提起訴訟。工程價款結(jié)算應按合同約定辦理，合同未作約定或約定不明的，發(fā)、承包雙方可以按國家有關法律、法規(guī)和規(guī)章制度協(xié)商處理。

法律依據(jù)：

《建設工程價款結(jié)算暫行辦法》第十一條

工程價款結(jié)算應按合同約定辦理，合同未作約定或約定不明的，發(fā)、承包雙方應依照下列規(guī)定與文件協(xié)商處理：

（一）國家有關法律、法規(guī)和規(guī)章制度；

（二）國務院建設行政主管部門、省、自治區(qū)、直轄市或有關部門發(fā)布的工程造價計價標準、計價辦法等有關規(guī)定；

（三）建設項目的合同、補充協(xié)議、變更簽證和現(xiàn)場簽證，以及經(jīng)發(fā)、承包人認可的其他有效文件；

（四）其他可依據(jù)的材料。