由合同持有雙方(轉讓方、受讓方)分別向各自主管稅務機關繳納。個別情況下，稅務機關可以要求其中一方對另一方代扣代繳，或由第三方統一代扣代繳 。轉讓所得由轉讓方向主管稅務局機關繳納。個別情況下，可以由被轉讓人代扣代繳，或由第三方代扣代繳。

《中華人民共和國公司法》

第一百三十七條 股東持有的股份可以依法轉讓。

第一百三十八條 股東轉讓其股份，應當在依法設立的證券交易場所進行或者按照國務院規定的其他方式進行。

第一百三十九條 記名股票，由股東以背書方式或者法律、行政法規規定的其他方式轉讓；轉讓后由公司將受讓人的姓名或者名稱及住所記載于股東名冊。股東大會召開前二十日內或者公司決定分配股利的基準日前五日內，不得進行前款規定的股東名冊的變更登記。但是，法律對上市公司股東名冊變更登記另有規定的，從其規定。