工傷認定書被單位扣了可以先與用人單位進行協商溝通，如果用人單位拒不交還，可以到勞動仲裁部門進行投訴，請工傷認定機構給予認定機構留存的認定書進行工傷認定的賠償問題。勞動申請鑒定和索要賠償的時間是一年，你可先與公司索要，如果不給，可與勞動仲裁和鑒定機構協商，重新鑒定或者把通知書的內容給自己一份，記住一定要在一年之內的。

《工傷保險條例》 第二十條 社會保險行政部門應當自受理工傷認定申請之日起60日內作出工傷認定的決定，并書面通知申請工傷認定的職工或者其近親屬和該職工所在單位。

社會保險行政部門對受理的事實清楚、權利義務明確的工傷認定申請，應當在15日內作出工傷認定的決定。

作出工傷認定決定需要以司法機關或者有關行政主管部門的結論為依據的，在司法機關或者有關行政主管部門尚未作出結論期間，作出工傷認定決定的時限中止。

社會保險行政部門工作人員與工傷認定申請人有利害關系的，應當回避。