檢察院把案件退回兩次的法律后果有可能是人民檢察院會作出不起訴的決定，或者在人民檢察院第二次退回偵查以后，公安機關新補充偵查的證據符合了法律制度上規定的起訴的條件，那人民檢察院當然也會依法起訴。整體來說，刑事案件退回補充偵查的次數最多就是兩次。檢察院兩次退偵之后，應當作出不起訴決定。

《中華人民共和國刑事訴訟法》

第一百七十五條 人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料；認為可能存在本法第五十六條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。

第一百七十條 人民檢察院對于監察機關移送起訴的案件，依照本法和監察法的有關規定進行審查。人民檢察院經審查，認為需要補充核實的，應當退回監察機關補充調查，必要時可以自行補充偵查。對于監察機關移送起訴的已采取留置措施的案件，人民檢察院應當對犯罪嫌疑人先行拘留，留置措施自動解除。人民檢察院應當在拘留后的十日以內作出是否逮捕、取保候審或者監視居住的決定。在特殊情況下，決定的時間可以延長一日至四日。人民檢察院決定采取強制措施的期間不計入審查起訴期限。