處理宅基地邊界爭議的方法是：雙方當事人可以通過協商處理，當事人不愿協商、調解或者協商、調解不成的可以向仲裁機構申請仲裁；當事人對處理決定不服的，可以在接到處理決定后30日內直接向人民法院起訴。法律依據：《土地管理法》第十四條　 土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。