如果農村宅基地系有鄰里土地或房屋有爭議，是不能審批通過確權的，需要先協商處理好糾紛才能提交申請的。因此，宅基地確權有爭議不會繼續確權的。

《中華人民共和國土地管理法》第十四條 土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。《中華人民共和國土地管理法》第十六條 下級土地利用總體規劃應當依據上一級土地利用總體規劃編制。地方各級人民政府編制的土地利用總體規劃中的建設用地總量不得超過上一級土地利用總體規劃確定的控制指標，耕地保有量不得低于上一級土地利用總體規劃確定的控制指標。省、自治區、直轄市人民政府編制的土地利用總體規劃，應當確保本行政區域內耕地總量不減少。