村民委員會不指定監護人糾紛的處理方式：如果對監護人的確定有爭議的，有關個人或者組織可以向人民法院申請指定監護人，人民法院會按照最有利于被監護人的原則依法指定監護人。法律依據：《中華人民共和國民法典》第三十六條 監護人有下列情形之一的，人民法院根據有關個人或者組織的申請，撤銷其監護人資格，安排必要的臨時監護措施，并按照最有利于被監護人的原則依法指定監護人： （一）實施嚴重損害被監護人身心健康的行為； （二）怠于履行監護職責，或者無法履行監護職責且拒絕將監護職責部分或者全部委托給他人，導致被監護人處于危困狀態； （三）實施嚴重侵害被監護人合法權益的其他行為。 本條規定的有關個人、組織包括：其他依法具有監護資格的人，居民委員會、村民委員會、學校、醫療機構、婦女聯合會、殘疾人聯合會、未成年人保護組織、依法設立的老年人組織、民政部門等。 前款規定的個人和民政部門以外的組織未及時向人民法院申請撤銷監護人資格的，民政部門應當向人民法院申請。