補充協議與主合同的效力是，補充協議的效力高于主合同效力，簽訂時間在后的協議效力高于簽訂時間在前的協議效力。合同生效后，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充；不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。

法律依據：

《民法典》第一百四十三條

具備下列條件的民事法律行為有效：

（一）行為人具有相應的民事行為能力；

（二）意思表示真實；

（三）不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。

第五百一十條

合同生效后，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充；不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。