公司合并的補償方式主要包括：現金支付、股權支付、債權支付等。根據相關法律規定，公司合并不影響勞動合同的履行。原勞動合同繼續有效，勞動合同由承繼其權利和義務的用人單位繼續履行。但若變動較大的除外。法律依據：《勞動合同法》第三十三條 用人單位變更名稱、法定代表人、主要負責人或者投資人等事項，不影響勞動合同的履行。 第三十四條 用人單位發生合并或者分立等情況，原勞動合同繼續有效，勞動合同由承繼其權利和義務的用人單位繼續履行。 第三十五條 用人單位與勞動者協商一致，可以變更勞動合同約定的內容。變更勞動合同，應當采用書面形式。 變更后的勞動合同文本由用人單位和勞動者各執一份。