中小股東的利益可以通過下列方法予以保護：
1、中小股東可以通過積極行使相關的小股東權利，促進公司進行相應的制度設立、更改、完善；
2、公司應當通完善股東大會制度、中小股東的利益如何保護、規(guī)定大股東的誠信義等方式保護；
3、其他方式。法律依據(jù)：《中華人民共和國公司法》第一百五十一條 董事、高級管理人員有本法第一百四十九條規(guī)定的情形的，有限責任公司的股東、股份有限公司連續(xù)一百八十日以上單獨或者合計持有公司百分之一以上股份的股東，可以書面請求監(jiān)事會或者不設監(jiān)事會的有限責任公司的監(jiān)事向人民法院提起訴訟；監(jiān)事有本法第一百四十九條規(guī)定的情形的，前述股東可以書面請求董事會或者不設董事會的有限責任公司的執(zhí)行董事向人民法院提起訴訟。 他人侵犯公司合法權益，給公司造成損失的，本條第一款規(guī)定的股東可以依照前兩款的規(guī)定向人民法院提起訴訟。