處理施工單位的工程索賠糾紛，需要做好以下事情：

1、要及時發現索賠機會；

2、簽商好合同協議；

3、對口頭變更指令要得到確認；

4、及時發出索賠通知書；

5、索賠事件論證要充足；

6、索賠計算方法和款額要適當。

法律依據：

《民法典》第八百零三條

發包人未按照約定的時間和要求提供原材料、設備、場地、資金、技術資料的，承包人可以順延工程日期，并有權請求賠償停工、窩工等損失。

第一百八十八條

向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。

訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。