工程合同屬于普通的民事合同，按照民法總則188條的規定：“向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年，法律另有規定的除外”。工程糾紛訴訟時效應該是三年。訴訟時效期間從知道或者應當知道權利被侵害時起算”。按照上述規定，訴訟時效應從承包方權利受到侵害之日起計算。

法律依據:

《中華人民共和國民法通則》第一百三十六條

我國勞動法第七十九條規定：“勞動爭議發生后，當事人可以向本單位勞動爭議調解委員會申請調解;調解不成，當事人一方要求仲裁的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。當事人一方也可以直接向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟。”該法第八十三條還規定：“勞動爭議當事人對仲裁裁決不服的，可以自收到仲裁裁決書之日起十五日內向人民法院提起訴訟。一方當事人在法定期限內不起訴又不履行仲裁裁決的，另一方當事人可以申請人民法院強制執行。”

以上規定說明，仲裁程序是勞動爭議案件的前置程序，未經仲裁，案件不能進入訴訟程序。審判實踐中，筆者發現勞動爭議案件在適用民事訴訟法規定的反訴程序時不合適，原因是：第一，一方不服仲裁起訴后，另一方提出反訴，反訴的請求如未經過仲裁裁決，那么雙方的爭議是未經仲裁就進入訴訟程序，違反了上述“前置程序”的規定。第二，一方不服仲裁起訴后，另一方提起反訴的內容如經過了仲裁，那么上述勞動法第八十三條規定的“不服仲裁裁決，可向人民法院提起訴訟”就又形同虛設，沒有意義了。