工程結算的程序應注意以下幾個方面：

1、工程結算的前提是工程竣工驗收合格。每項合同所對應的工程施工完成后，包括總包、所有分包、材料設備等，都要進行四方驗收。

2、四方驗收時除簽發合格證書外，還應制作表格對應合同進行驗收，明確乙方完成的工程量增減情況，并經乙方、監理、甲方工程人員、預算人員簽認。

3、每項工程驗收合格后，按合同約定及時進行工程結算，乙方匯總整理所有結算資料，上報監理及甲方。

4、監理負責審核結算資料的完整性，資料必須完整齊備符合竣工資料的驗收要求，審核結果反饋給甲方乙方。

5、甲方的預算，原則上應該自己審核，如果招標時的工程量清單由咨詢公司編制，則可以由該公司負責審核，甲方的預算及工程人員配合完成結算工作。

6、甲方初步審核后，與乙方進行核對談判，重大分歧匯總上報各方主管領導解決。

7、雙方核對達成一致后，甲方寫出書面材料匯報結算情況及最終結果，經同意后在結算書上簽發書面意見。

8、結算完成后，由乙方提出結算付款申請，甲方預算審核后，由甲方主管領導簽發后交財務付款。

法律依據：

《建設工程價款結算暫行辦法》 第十三條

工程進度款結算與支付應當符合下列規定：

(一)工程進度款結算方式

1、按月結算與支付。即實行按月支付進度款，竣工后清算的辦法。合同工期在兩個年度以上的工程，在年終進行工程盤點，辦理年度結算。

2、分段結算與支付。即當年開工、當年不能竣工的工程按照工程形象進度，劃分不同階段支付工程進度款。具體劃分在合同中明確。