工程結(jié)算的程序應(yīng)注意以下幾個方面：

1、工程結(jié)算的前提是工程竣工驗收合格。每項合同所對應(yīng)的工程施工完成后，包括總包、所有分包、材料設(shè)備等，都要進行四方驗收。

2、四方驗收時除簽發(fā)合格證書外，還應(yīng)制作表格對應(yīng)合同進行驗收，明確乙方完成的工程量增減情況，并經(jīng)乙方、監(jiān)理、甲方工程人員、預(yù)算人員簽認。

3、每項工程驗收合格后，按合同約定及時進行工程結(jié)算，乙方匯總整理所有結(jié)算資料，上報監(jiān)理及甲方。

4、監(jiān)理負責(zé)審核結(jié)算資料的完整性，資料必須完整齊備符合竣工資料的驗收要求，審核結(jié)果反饋給甲方乙方。

5、甲方的預(yù)算，原則上應(yīng)該自己審核，如果招標(biāo)時的工程量清單由咨詢公司編制，則可以由該公司負責(zé)審核，甲方的預(yù)算及工程人員配合完成結(jié)算工作。

6、甲方初步審核后，與乙方進行核對談判，重大分歧匯總上報各方主管領(lǐng)導(dǎo)解決。

7、雙方核對達成一致后，甲方寫出書面材料匯報結(jié)算情況及最終結(jié)果，經(jīng)同意后在結(jié)算書上簽發(fā)書面意見。

8、結(jié)算完成后，由乙方提出結(jié)算付款申請，甲方預(yù)算審核后，由甲方主管領(lǐng)導(dǎo)簽發(fā)后交財務(wù)付款。

法律依據(jù)：

《建設(shè)工程價款結(jié)算暫行辦法》 第十三條

工程進度款結(jié)算與支付應(yīng)當(dāng)符合下列規(guī)定：

(一)工程進度款結(jié)算方式

1、按月結(jié)算與支付。即實行按月支付進度款，竣工后清算的辦法。合同工期在兩個年度以上的工程，在年終進行工程盤點，辦理年度結(jié)算。

2、分段結(jié)算與支付。即當(dāng)年開工、當(dāng)年不能竣工的工程按照工程形象進度，劃分不同階段支付工程進度款。具體劃分在合同中明確。