工程完工結算，應當按照雙方在工程合同中的約定進行。如果沒有約定，就參照財政部發布的《建設工程價款結算暫行辦法》進行。該結算暫行辦法主要針對的內容是：

1.黑白合同造成工程價款結算爭議。

2.工程竣工結算久拖不結、多頭審查或一審再審。

3.工程款拖欠嚴重，據調查，已竣工未結算占全部竣工工程拖欠工程款的30%左右。

工程完工后，雙方應按照約定的合同價款及合同價款調整內容以及索賠事項，進行工程竣工結算。

工程竣工結算方式有：工程竣工結算分為單位工程竣工結算、單項工程竣工結算和建設項目竣工總結算。

發包人收到承包人遞交的竣工結算報告及完整的結算資料后，應按本辦法規定的期限，進行核實(合同有約定的，從其約定)，給予確認或者提出修改意見。發包人根據確認的竣工結算報告向承包人支付工程竣工結算價款，保留3%左右的質量保證(保修)金，待工程交付使用一年質保期到期后清算(合同另有約定的，從其約定)，質保期內如有返修，發生費用應在質量保證金內扣除。

法律依據:

財政部、建設部關于印發《建設工程價款結算暫行辦法》的通知第十四條

工程完工后，雙方應按照約定的合同價款及合同價款調整內容以及索賠事項，進行工程竣工結算。

(一)工程竣工結算方式

工程竣工結算分為單位工程竣工結算、單項工程竣工結算和建設項目竣工總結算(四)工程竣工價款結算

發包人收到承包人遞交的竣工結算報告及完整的結算資料后，應按本辦法規定的期限(合同約定有期限的，從其約定)進行核實，給予確認或者提出修改意見。發包人根據確認的竣工結算報告向承包人支付工程竣工結算價款，保留5%左右的質量保證(保修)金，待工程交付使用一年質保期到期后清算(合同另有約定的，從其約定)，質保期內如有返修，發生費用應在質量保證(保修)金內扣除。