公司賬上給員工發工資個人所得稅是直接從工資里扣的，即在發放工資時已經將個人所繳納的個人所得稅直接從工資里扣除發放。工資是先扣除五險一金再扣除個人所得稅的，其中社保和公積金是同步扣除，不存在先后順序，扣完五險一金之后，再減去個人所得稅專項扣除項目，剩下的金額如果在5000元以上，就需要扣個人所得稅，如果在5000元以下，就免除繳納個人所得稅。

《中華人民共和國個人所得稅法》

第十一條 居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規定予以扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。

第十三條 納稅人取得應稅所得沒有扣繳義務人的，應當在取得所得的次月十五日內向稅務機關報送納稅申報表，并繳納稅款。納稅人取得應稅所得，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年六月三十日前，繳納稅款；稅務機關通知限期繳納的，納稅人應當按照期限繳納稅款。居民個人從中國境外取得所得的，應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內申報納稅。非居民個人在中國境內從兩處以上取得工資、薪金所得的，應當在取得所得的次月十五日內申報納稅。納稅人因移居境外注銷中國戶籍的，應當在注銷中國戶籍前辦理稅款清算。