因為發票在快遞公司還有存根聯，即使是增值稅專用發票也沒有關系，需要快遞公司到所在的稅務所開具發票遺失證明，加蓋稅務局的章，并將發票的存根聯復印，交給客戶，一樣可以抵扣的。

《中華人民共和國發票管理辦法》

第十九條 銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票；特殊情況下，由付款方向收款方開具發票。

第二十條 所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項，應當向收款方取得發票。取得發票時，不得要求變更品名和金額。

《中華人民共和國會計法》 第十四條 會計憑證包括原始憑證和記帳憑證。辦理本法第十條所列的經濟業務事項，必須填制或者取得原始憑證并及時送交會計機構。會計機構、會計人員必須按照國家統一的會計制度的規定對原始憑證進行審核，對不真實、不合法的原始憑證有權不予接受，并向單位負責人報告；對記載不準確、不完整的原始憑證予以退回，并要求按照國家統一的會計制度的規定更正、補充。原始憑證記載的各項內容均不得涂改；原始憑證有錯誤的，應當由出具單位重開或者更正，更正處應當加蓋出具單位印章。原始憑證金額有錯誤的，應當由出具單位重開，不得在原始憑證上更正。記帳憑證應當根據經過審核的原始憑證及有關資料編制。