自管房如果沒有規劃管理部門和土地管理部門批準變更土地用途的文件或用地及建筑審批手續，竣工驗收不合格，權屬來源不清楚、資料不齊全不能辦理產權證，如果沒有以上情形可以向房屋登記機構辦理產權證。

《中華人民共和國城鄉規劃法》 第四十條 在城市、鎮規劃區內進行建筑物、構筑物、道路、管線和其他工程建設的，建設單位或者個人應當向城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府申請辦理建設工程規劃許可證。申請辦理建設工程規劃許可證，應當提交使用土地的有關證明文件、建設工程設計方案等材料。需要建設單位編制修建性詳細規劃的建設項目，還應當提交修建性詳細規劃。對符合控制性詳細規劃和規劃條件的，由城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府核發建設工程規劃許可證。城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府應當依法將經審定的修建性詳細規劃、建設工程設計方案的總平面圖予以公布。