辦理經濟適用房過戶的手續是：就其轉讓超過核定的最高購房總價標準以外的部分補交10%的綜合地價款，滿五年后核稅繳稅，到交易中心領取房產證、房地產管理部門核發過戶單。法律依據：《不動產登記暫行條例》第二十一條　 登記事項自記載于不動產登記簿時完成登記。不動產登記機構完成登記，應當依法向申請人核發不動產權屬證書或者登記證明。 《經濟適用住房管理辦法》第三十條　 經濟適用住房購房人擁有有限產權。購買經濟適用住房不滿5年，不得直接上市交易，購房人因特殊原因確需轉讓經濟適用住房的，由政府按照原價格并考慮折舊和物價水平等因素進行回購。購買經濟適用住房滿5年，購房人上市轉讓經濟適用住房的，應按照屆時同地段普通商品住房與經濟適用住房差價的一定比例向政府交納土地收益等相關價款，具體交納比例由市、縣人民政府確定，政府可優先回購；購房人也可以按照政府所定的標準向政府交納土地收益等相關價款后，取得完全產權。