起訴拖欠工程款糾紛的程序是：先是承包單位向法院提交訴狀；然后法院在立案之后通知另一方當事人；之后確定開庭時間，進行庭前準備；再開庭、辯論、宣布判決結果；最后判決生效后發包人支付工程款或拒絕支付時由承包單位向法院申請強制執行。法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》第一百二十五條 人民法院應當在立案之日起五日內將起訴狀副本發送被告，被告應當在收到之日起十五日內提出答辯狀。 《中華人民共和國民事訴訟法》第二百三十六條 發生法律效力的民事判決、裁定，當事人必須履行。一方拒絕履行的，對方當事人可以向人民法院申請執行，也可以由審判員移送執行員執行。調解書和其他應當由人民法院執行的法律文書，當事人必須履行。一方拒絕履行的，對方當事人可以向人民法院申請執行。等。