合同事實上已不能履行的應作以下處理：
1、依法應由當事人通過和解、仲裁、調解、起訴等方式處理；
2、如果當事人能夠協商一致的，可以變更合同；
3、如果無法變更的，可以解除合同，并要求違約方承擔相應責任，但因不可抗力導致合同不能履行的除外。法律依據：《中華人民共和國民法典》第五百六十二條 當事人協商一致，可以解除合同。 當事人可以約定一方解除合同的事由。解除合同的事由發生時，解除權人可以解除合同。 第五百六十三條 有下列情形之一的，當事人可以解除合同： （一）因不可抗力致使不能實現合同目的； （二）在履行期限屆滿前，當事人一方明確表示或者以自己的行為表明不履行主要債務； （三）當事人一方遲延履行主要債務，經催告后在合理期限內仍未履行； （四）當事人一方遲延履行債務或者有其他違約行為致使不能實現合同目的； （五）法律規定的其他情形。 以持續履行的債務為內容的不定期合同，當事人可以隨時解除合同，但是應當在合理期限之前通知對方。