1.參保對象不同：

職工醫療保險是為用人單位在職職工提供的醫療保障，而農村醫保參保對象主要是當地的村民。

2.繳費主體不同：

職工醫療保險是用人單位和社會成員個人共同繳納醫療保險費，農村醫保是由政府組織，農民自愿參加，個人、集體和政府多方籌資。

3.繳費方式不同：

醫療保險需要繳納時間達到一定的年限(一般需要連續繳納六個月)，用戶才可享受報銷待遇。新型農村合作醫療是農民自愿參加，需要每年辦理參保繳費手續。

4.報銷比例不同：

新農合在農村鄉鎮醫院的報銷比例最高，到市級以上醫院報銷比例相對社保較少。職工醫保一般在定點醫院看病報銷比例最高，其它醫院報銷比例會降低。

《中華人民共和國醫療保障法》 第六條 國務院醫療保障行政部門負責全國的醫療保障管理工作，國務院其他有關部門在各自的職責范圍內負責有關的醫療保障工作。縣級以上人民政府醫療保障行政部門負責本行政區域的醫療保障管理工作，縣級以上人民政府其他有關部門在各自的職責范圍內負責有關的醫療保障工作。鄉（鎮）人民政府、街道辦事處根據上級人民政府要求，做好醫療保障相關工作。村（居）委會協助做好醫療保障相關工作。