農民專業合作社可以做公司的股東。根據相關規定，農民專業合作社與公司、企業等經濟體同等法律地位、法人地位、經濟地位。農民專業合作社也和其他公司等經濟體一樣，甲公司可以投資乙公司，成為乙公司的股東。股東作為投資者享有所有者的分享收益、重大決策和選擇管理者等權利，推動經濟的發展效果，促進資金的橫向融通和經濟的橫向聯系，提高資源配置的總體效益。

《中華人民共和國農民專業合作社法》第十四條 設立農民專業合作社，應當召開由全體設立人參加的設立大會。設立時自愿成為該社成員的人為設立人。 設立大會行使下列職權： 1、通過本社章程，章程應當由全體設立人一致通過； 2、選舉產生理事長、理事、執行監事或者監事會成員； 3、審議其他重大事項。