國有土地所有權由國務院代表國家行使，是指國務院代表國家依法行使對國有土地的占有、使用、收益和處分的權利。在法律上規定國務院是國有土地所有權的代表，一是明確地方各級人民政府不是國有土地所有權代表，無權擅自處置國有土地，只能依法根據國務院的授權處置國有土地；二是賦予中央人民政府行使國有土地資產經營管理的職能；三是明確國有土地的收益權歸中央人民政府，國務院有權決定國有土地收益的分配辦法。

《中華人民共和國土地管理法》 第二條 中華人民共和國實行土地的社會主義公有制，即全民所有制和勞動群眾集體所有制。全民所有，即國家所有土地的所有權由國務院代表國家行使。任何單位和個人不得侵占、買賣或者以其他形式非法轉讓土地。土地使用權可以依法轉讓。國家為了公共利益的需要，可以依法對土地實行征收或者征用并給予補償。國家依法實行國有土地有償使用制度。但是，國家在法律規定的范圍內劃撥國有土地使用權的除外。