《人民法院司法鑒定工作暫行規定》明確規定司法鑒定，是指在訴訟過程中，為查明案件事實，人民法院依據職權，或者應當事人及其他訴訟參與人的申請，指派或委托具有專門知識人，對專門性問題進行檢驗、鑒別和評定的活動。司法鑒定的目的就是為了查明案件事實，如果案件事實清楚就不應當進行司法鑒定。換言之，如果雙方對工程造價已經達成一致意見，就不應當啟動司法鑒定程序。同時，如果當事人已經對結算達成一致意見，即使對客觀的事實存在差異，也屬于當事人對自己的權利處分，法律不應予以干涉。在退一步講，如果當事人認為不應當以已經達成的結算書作為結算依據，也應當先以結算協議存在可撤銷之情形向依法人民法院申請撤銷。

因此，只要工程結算協議不存在法定無效或可撤銷的情形，通常情況下，乙方申請重新造價鑒定的，法院不予支持。

法律依據：

《人民法院司法鑒定工作暫行規定》第二條

本規定所稱司法鑒定，是指在訴訟過程中，為查明案件事實，人民法院依據職權，或者應當事人及其他訴訟參與人的申請，指派或委托具有專門知識人，對專門性問題進行檢驗、鑒別和評定的活動。