劃撥土地出讓金的計算方式如下：

1、發生轉讓的劃撥土地使用權補辦出讓時，按基準地價平均標準的40%計算；

2、有實際成交價的，且不低于所在級別基準地價平均標準的按成交價不低于40%的標準計算出讓金，若成交價低于基準地價平均標準的，則依照標準地價平均標準的40%計算；

3、通過以上方式計算的土地出讓金數額，土地使用權受讓人有異議的，由受讓人委托有資質的土地估價機構進行評估，按評估價的40%計算土地出讓金；等等。

《中華人民共和國城市房地產管理法》 第四十條 以劃撥方式取得土地使用權的，轉讓房地產時，應當按照國務院規定，報有批準權的人民政府審批。有批準權的人民政府準予轉讓的，應當由受讓方辦理土地使用權出讓手續，并依照國家有關規定繳納土地使用權出讓金。以劃撥方式取得土地使用權的，轉讓房地產報批時，有批準權的人民政府按照國務院規定決定可以不辦理土地使用權出讓手續的，轉讓方應當按照國務院規定將轉讓房地產所獲收益中的土地收益上繳國家或者作其他處理。