在行政訴訟案中確認原告主體資格的辦法：認為行政機關和行政機關工作人員的具體行政行為侵犯其合法權(quán)益的公民、法人或者其他組織；以及生態(tài)環(huán)境和資源保護、食品藥品安全等糾紛中的檢察機關可作為原告。法律依據(jù)：《中華人民共和國行政訴訟法》第二十五條 行政行為的相對人以及其他與行政行為有利害關系的公民、法人或者其他組織，有權(quán)提起訴訟。有權(quán)提起訴訟的公民死亡，其近親屬可以提起訴訟。有權(quán)提起訴訟的法人或者其他組織終止，承受其權(quán)利的法人或者其他組織可以提起訴訟。人民檢察院在履行職責中發(fā)現(xiàn)生態(tài)環(huán)境和資源保護、食品藥品安全、國有財產(chǎn)保護、國有土地使用權(quán)出讓等領域負有監(jiān)督管理職責的行政機關違法行使職權(quán)或者不作為，致使國家利益或者社會公共利益受到侵害的，應當向行政機關提出檢察建議，督促其依法履行職責。行政機關不依法履行職責的，人民檢察院依法向人民法院提起訴訟。