生產有害食品罪的立案標準是這樣的：
1、行為人將有毒的非食品原料摻入生產的食品的；
2、在食品或食用農產品加工、銷售、運輸、貯存等過程中，摻入有毒的非食品原料的；
3、使用有毒的非食品原料或加工食品的等。法律依據：《最高人民檢察院、公安部關于公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規(guī)定（一）》第二十條 在生產、銷售的食品中摻入有毒、有害的非食品原料的，或者銷售明知摻有有毒、有害的非食品原料的食品的，應予立案追訴。 在食品加工、銷售、運輸、貯存等過程中，摻入有毒、有害的非食品原料，或者使用有毒、有害的非食品原料加工食品的，應予立案追訴。 在食用農產品種植、養(yǎng)殖、銷售、運輸、貯存等過程中，使用禁用農藥、獸藥等禁用物質或者其他有毒、有害物質的，應予立案追訴。 在保健食品或者其他食品中非法添加國家禁用藥物等有毒、有害物質的，應予立案追訴。