自動離職合同應該按下列方式進行處理：
1、用人單位需對該勞動合同的文本至少保存二年備查；
2、若是勞動者違法離職，給單位造成損失的，用人單位可以要求勞動者承擔賠償責任。法律依據：《中華人民共和國勞動合同法》第五十條 用人單位應當在解除或者終止勞動合同時出具解除或者終止勞動合同的證明，并在十五日內為勞動者辦理檔案和社會保險關系轉移手續。 勞動者應當按照雙方約定，辦理工作交接。用人單位依照本法有關規定應當向勞動者支付經濟補償的，在辦結工作交接時支付。 用人單位對已經解除或者終止的勞動合同的文本，至少保存二年備查。 第九十條 勞動者違反本法規定解除勞動合同，或者違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。