可以采取下列方法保護公司中小股東的權益：
1、規定大股東的誠信義務；
2、設立股東表決權排除制度；
3、完善股東大會制度；
4、保護公司中小股東的權益的其他方法。法律依據：《中華人民共和國公司法》第一百五十一條 董事、高級管理人員有本法第一百四十九條規定的情形的，有限責任公司的股東、股份有限公司連續一百八十日以上單獨或者合計持有公司百分之一以上股份的股東，可以書面請求監事會或者不設監事會的有限責任公司的監事向人民法院提起訴訟；監事有本法第一百四十九條規定的情形的，前述股東可以書面請求董事會或者不設董事會的有限責任公司的執行董事向人民法院提起訴訟。 他人侵犯公司合法權益，給公司造成損失的，本條第一款規定的股東可以依照前兩款的規定向人民法院提起訴訟。